С 2016 года в компании шел конфликт между акционерами Дмитрием Костыгиным и Августом Мейером (совместно владели 61,5%) и Михаилом Васинкевичем, которому принадлежало 38,5%.
В 2018 году Лондонский международный третейский суд обязал Костыгина и Мейера выкупить долю Васинкевича, но тогда сделка не состоялась и урегулирования не произошло.
Впоследствии они все же решили пойти на сделку, а затем покинуть компанию. Предполагалось, что контроль над 100% «Юлмарта» получит владелец «Петербургского нефтяного терминала» (ПНТ) Михаил Скигин, чья компания Ledaro кредитовала «Юлмарт» в 2016 году.
На фоне конфликтов «Юлмарт» столкнулся с нехваткой средств и начал поиск инвестиций в размере 9 млрд рублей, сокращать сотрудников и закрывать региональные представительства.