Попков ранее работал в тренерском штабе «Акжайыка», «Окжетпеса» и «Ордабасы». В 2017 году был исполняющим обязанности главного тренера «Окжетпеса». В 2018 году под его руководством кокшетаусцы заняли первое место и вернулись в КПЛ. Последним место работы была «Тюмень», где он был ассистентом главного тренера.
Ранее директор «Окжетпеса» Юрий Бондаренко и Сергей Попков уже работали вместе: в 2016 году в «Ордабасы» и в 2017 году в «Окжетпесе».